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7月 24, 2008

スティーブ・ジョブズ氏の健康状態の悪化はウイルス感染?報道機関の正確性に問題

カテゴリー Mac, PC, news — daichann @ 11:20 pm
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IT関連で有名な日本のニュースサイトIT mediaで、先日Apple社のスティーブ・ジョブズ氏の健康状態に懸念があるとの報道を読んだんですが、「本当か?」と思ってしまった。

記事には「Appleは、同氏は「よくあるウイルス」に感染したのであり、抗生物質を飲んでいるとコメントした。」とあるが、読者の中には違和感を持った方はいないだろうか。そう、抗生物質というものは、バクテリアなど「生きている」病原菌に対して有効であって、ウイルスに有効な抗生物質はヘルペスぐらいしか聞いたことがない。正確には、ウイルスに対する抗生物質という言い方自体、間違いだろうが。そこで、元の記事が「New York Postが7月21日に伝えた」とあったので、元記事や他の英文記事、ブログを見てみたのだが、どこにも「ウイルス」という言葉が見つからない!単に、「common bug」という記述があるのみ。

なんでこんなことになったのか、よくよく調べてみると関連記事に「ジョブズの激ヤセの原因は?(オルタナティブブログ)」のリンクがあり、ここを参考にした節があります。しかも、そのブログ記事のコメントにウイルスではないのでは、というもっともな質問がのっていたのですが、ITmedia記者のkoyaこと松尾 公也氏は、「抗生物質、最近の定義では抗ウイルス剤も含むようです。とはいってもcommon bugとしか言ってないので、実のところはわかりません……。」と弁明しています。実のところわかりません、なら事実のみ書くべきで、なぜウイルスという言葉を用いたのか疑問です。記者でありながら、基礎知識のなさを恥ずかしげもなく披露しているとしか言いようがありません。しかし、これはブログ、許しましょう。だけど、それをもとにITmedia(ロイター?)が記事の裏づけに用いているとしたら、言語道断です。報道機関として、地に落ちているとしか言いようがありません(ブログ記事は6/11に対し、このニュース記事は7/22)。ITmediaのようなサイトは、一流報道機関でないから、この程度のことで騒ぐなとお叱りをうけるかもしれませんが

日本の教育は世界最高水準ですが、どうも文系と理系の知識格差、そして特に生物に関しては、いまいち全体的に常識が不足している気がします(組み換え遺伝子作物や狂牛病騒ぎを見ても)。特に、一般報道記者の科学に対する知識は嘆かわしい限りです。関係ない話ですが、何か政府間や世界の動きで何らかの合意なりがあった時の報道で、日本を含む欧米の。。。という文面をよく見ますが、実は日本がほとんど関与していない場合もあります。以前、記事は忘れましたが、日本は含まれていないのに第一報の日本の報道機関で日本など中心になどと書いてあったのを見たことがあります(その後、その記事から日本がなくなってました)。毎日新聞が、英文記事の問題でパッシングを受けていますが、少なくとも主要ニュースサイトの速報記事を含め、ITmediaなどの二流報道機関など、裏づけ、チェックなしに報道しているものが多くあるのは疑いないでしょう。科学者、研究者の多くに、報道や常識を素直に認めない傾向があるのは、最近よく自分にも当てはまってきたのかと感じています。悪いことではないけど、世間を悲観的に見てきてしまうのも人生よくないですね(決して、このことが優秀な研究者と同義だとか言っているわけではありません。単に傾向を述べているまでです)。日本も、将来的に韓国のように間違った報道によって国を誤った方向に向かう危険性がないとも限りません。今は、韓国のろうそくデモを不思議な目で見ていますが、そういった国際的な威信を落とすような方向へ報道機関が国民を導いていかないよう、お願いします。また、よく見かけるいやな記述は、特に中国や朝鮮などに対してですが、日本人が喜ぶようなネガティブな意見を載せて、変に中立を保とうとしたり、対抗したりすることで、あまりに少数意見で都合のいいものを拾っているとしか言いようのないものを平気で一流のニュース機関が載せているときです。以前は、すぐに専門家に頼って記者の主張がないといわれていた時期がありましたが、今は専門家どころか凡人の偏った意見で帰結する記事も見かけて、見るに耐えないものが増えています。海外に住んでいるので、紙面ではどのように報道されているか知る由もありませんが、MSN産経ニュースは、ワイドショー化して終わってます(気軽に見るには面白いです)。ただでさえ、ワイドショー型不況と言われているのに。もっと、欧米のニュースサイトを見習って質の高い記事を提供してほしいです。

5月 18, 2008

delishで “del.icio.us” (OS X Leopardのみ)

カテゴリー Internet, Mac, PC — daichann @ 2:34 am
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数々のブックマーク管理ツールが存在します。ブックマークをブラウザーからGoogle bookmarksで管理するようになってから久しいですが、階層化できないのが残念なところです。しかし、使用しているコンピューターに依存しないために、ネットにつながっているコンピューターから同じブックマークを使えるのは、一度使い始めると離れられません。しかも、ブックマークは、ネットに繋がっているときしか使わないので、オフラインで保存する必要はありません。その・ため、webメールをオフラインで使うときの不便さは全くないので、ブックマークをオンラインで管理するのは最適な方法と言えるでしょう。

ただ、ブックマークが増えると、Google bookmarksの場合は何がなんだか分からなくなってきます。Googleツールバーを通して使っているのですが、多くなるとスクロールする必要があります。そういう意味で、階層化を実現してほしいものです。また、単に興味のある記事をブックマークするには躊躇してしまいます。その不便さを補うサービスが”del.icio.us”(デリシャス)です。興味を持った記事を次々にこのサイトへ登録していくことができます。
そして、ブログと同じようにtagとしてキーワードを同時に登録しておくと、後々探し出すときに便利です。

del.icio.usへの登録を簡単にできるように、IEとfirefoxに対応したアドインがHPで公開されています。

さらに、このブックマークを管理する専用のソフトがMac OS X 10.5 (Leopardのみ)用に最近公開されたので、今日ダウンロードして使ってみました。この”Delish“というソフトを使えば、簡単に登録したサイトを探し出し、見ることができて便利です。登録してあるサイトは、そのサイトのスナップショットを表示するようになっているので、文字だけの管理に比べ視覚的に優れ、あぁこのサイトかと記憶に訴えやすいのではないでしょう

Delish http://pinepointsoftware.com/delish/site/

Del.icio.us http://del.icio.us/

Google Bookmarks http://www.google.com/bookmarks/

4月 14, 2008

懐かしのクラシックMac “漢字Talk”をOS Xで使う

カテゴリー Mac, PC — daichann @ 3:42 am
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昔からWindowsユーザーだったのですが、生物系のソフトはマックが多かったためか昔のソフトを使うことがあります。ただ、今のOSではサポートしていなかったり、最新バージョンを持っていない場合は、古いOSを使わないといけません。G4やG5のマックを持っている方は、クラシックソフトを起動することも不可能ではないでしょうが、Intel Macではその選択肢はそもそもありません。

Windowsを使っていたとき、実はMacのエミュレーターソフトを使って、Windows上で漢字Talk 7.6.1を起動していました。このOSは無料で手に入れることもできたので、後は古いマックからROMを吸い出せばよかったのです。今持っているROMはPowerPC以前の68K Mac用です。今では、実機を見つけることはほとんど無理ですね。PowerPCを持っている方は、そのROMを使った方がよいと思います。

そのMacエミュレータですが、Basilisk II(68K用)かSheepSaver(PowerPC用)がフリーで利用できます。結構安定しています。OS X 10.5上でさくさくと起動します。昔のOSを見ると懐かしく感じます。もし、フリーズしたり落ちたりした場合は、このエミュレーターが悪いのではなくきっとOSのせいだと思います。あの頃のマックは、シングルタスクでフリーズがあたりまえでしたから。

クラシックを使い続けていたい方は、ぜひ試してみてください。SheepSaverだとMac OS 9.0.4まで対応しています。ソフトはOS X以外にもWindows, Linuxで利用できます。漢字Talkを起動すると、自動的にデスクトップにOS Xのハードディスクも現れるので簡単にホストOSとファイル共有ができ便利です。

漢字Talk 7.5.3は、Appleのホームページよりダウンロード可能です。その後、7.6.1アップデーターをダウンロードすれば、無料で漢字Talk7.6.1を使用可能です。OSのインストール方法は、他のサイトを参考にしてください。検索で簡単にみつかります。ずいぶん昔に入れて、覚えていませんので。すみません

Basilisk II & SheepSaverの入手先
http://gwenole.beauchesne.info/

漢字Talkの入手先 (ページの最後の方にあります)
http://www.apple.com/jp/ftp-info/use.html

追伸

この記事を書いた後、グーグル検索したところ68K Mac Romも以下のサイトからダウンロード可能で、実際にそのファイルを使ってBasiliskIIで漢字Talkを起動してみたところ、みごとに立ち上がりました。再配布することが認められているのかどうかは分からないので、自己責任でお願いします。

http://wiki.oldos.org/Mac/PPCEmulator

3月 21, 2008

Macでノートをとる

カテゴリー Mac, PC, Research extra — daichann @ 2:47 am
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その名も、NoteBook

紙のノートの使いやすさをマック上でも再現させており、ページのめくり方まで似せています。

画像はしかり、PDFやwordなどのファイルも貼り付けることもできかなり便利。windows版MS OfficeのOneNoteと機能的に似ていますが、こちらの方が直感的、視覚的に優れている印象です。

とにかくいろんな使い方ができそうです。研究ノートにも使えないことはないですが、アナログのノートにはできないファイルの埋め込み、webの引用を組み合わせた、文献のまとめやプロジェクトの考案、進行状況、アイデアを書くといった使い方にも応用できます。目次やインデックスも自動的に作成されます。

Circus Ponies NoteBook 2.1

3月 6, 2008

最近のマック使用感

カテゴリー Mac, PC — daichann @ 12:44 am
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MacBookを11月に購入して、はや4ヶ月強。

最初は、windowsパソコンとして使う予定だったものが、いつの間にかマック専用機に変わっていました。なぜなんでしょか。ソフトの数は少ないし、シンプルな操作感である代わりに、パソコンらしくない。だって、インストール、アンインストールするときは、実際にどこにファイルがあるかを覆い隠して、Unixを触った人でないとディレクトリー構造を運良く見ることができてもピンとこない。ユーザーは馬鹿だから、細かいことは知らなくていいし知らせる必要はないんだ、とスティーブ・ジョブスに言われているような感じです。

しかし、簡単に操作できるマックは、逆にデザインもシンプルに洗練されている分面白さを感じるんですね、これが。 パソコンを使っていて、一番使うものって何だと思いますか?おそらく、それは文字とアイコンではないでしょうか。そして、明らかにウインドウズに比べてマックの文字は見やすいです。Vistaでましになったけど、やはりマックのフォントにはかないません。

そして、意外に普段使っているソフトは限られることがわかります。ウィンドウズでは、いろんなソフトをインストールしているんですが、結局使っていないものばかりです。使うものなんてたかが知れています。今は、マックでMS Office 2008, Adobe CS3 が入っていて研究に使う分はある程度事足りています。あとほしいとすれば、InvitrogenのVectorNTI(分子生物関連ソフト)です。InfomaxからInvitrogenに変わってからソフトの開発がすすんでいないように思われます。マックは、1o.2までしか対応していません。早くなんとかしてほしいものです。

こんな訳で、Vmwareもあまり立ち上げることもなくなりました。研究室ではwindowsマシンも使っているので、物書きなどを主にマックでやり、データ関連はウィンドウズを使うといった感じで使い分けています。

そう、ファイルメーカー社のBentoもちょっと入れてみましたが、面白そうなソフトですね。データーベースというより、コレクション管理ソフト?という感じがします。よくわかんないたとえですが、一般受けしそうなソフトだということです。データーベースソフトで一般受けするソフトって、これまでなかったと思うので、今後似たようなソフトが他社からもだしていって、 より直感的にできるデーターベースソフトがでてきたらうれしい限りです。

最近のWindowsとMacとの垣根が縮まって、昔のように互換性のためにどちらかを選ばなければいけなかった時代から好きな方を選べばいいし、両方つかってもいいという、ユーザー側が好みで選ぶ時代になってきたような気がします。OSというものをだんだん意識しなくなるんでしょううね、この先。
私は、マックをこれからも使い続けるだろうし、ウィンドウズもまた使わなくなるということはあり得ないです。LinuxはいつデスクトップOSになり得るんだろうか

2月 17, 2008

2月 6, 2008

TrueCrypt for Mac OS X リリース

カテゴリー Mac, PC — daichann @ 1:20 am
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待ちに待ったソフトのマック版が登場しました。

Windowsのディスク暗号化ソフトとして知名度のあがっているオープンソフトTrueCryptがバージョン5となるのに伴い、Mac OS X版とLinux版もでました。そう、OS X版です。

最近は、外付けハードディスク、MacBookにインストールしてあるWindowsの個人データはすべてTrueCryptでフォーマットした暗号ディスクに収納しています(過去ブログ参考)。しかし、特にMacを使う機会が多くなるにつれて、外付けハードディスクのデータにもアクセスしたくなるのですが、これまではTrueCryptのマック版がなくどうしようもなかったのです。

しかし、本日バージョンアップに伴い、Mac OS Xをサポートしたことはうれしい限りです。それだけ、マックも以前のようにソフト開発者(会社)が、無視できなくなり対応していこうという流れがでてきているのでしょうか。

また、ソフトの使い勝手は追って報告したいと思います。

ところで、偶然OSXCryptという、OS X版TrueCrpytクローンの存在を知ったのですがこれは、今回のTrueCryptのマック版とは何か関係あるのでしょうか

1月 4, 2008

VMware Fusionを無料で利用するには

カテゴリー Mac, PC — daichann @ 3:12 am
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Macを購入してVMwareの評価版を使い始めた頃、1ヶ月後には正規版を購入しないといけないなぁと思いながら、買うのをためらっていました。だめもとで、新しい評価版のシリアル番号を入手して使ってみたところ、なんと使用期限が延長されました。Windowsユーザーだったので、このように評価版の期限延長が簡単にできるものに最近はお目にかかったことがなかったので、 驚きました。毎回、新規にユーザー登録しないといけないので、多少面倒ですがお金を出さずにすむのでそうやって評価版を使い続けています。評価版といっても、正規版との違いは無期限使用が可能になるシリアルの有無にすぎないので、実際は正規版ソフトそのものです。

ユーザー登録するときのメアドは、未使用のアドレスを使用します。毎月更新しないといけないので、必要なメアドはあっという間に足りなくなってしまいます。そこで、 それを回避するうまい方法がありますのでその一例を紹介します。

1. Gmailを使用する

Gmailは、一つのアカウントで実質無限アドレスの使用が可能になります。例えば、macbook@gmail.comというアカウントを持っているとしましょう。他のアドレスを用いたいときは、mac.book@gmail.comと 「 . 」を途中に入れれば相手からは、macbookとmac.bookは違うアカウントとして認識されますが、同じアカウントでそれぞれの宛先メールを受け取ることができます。また、macbook+pro@gmail.comのように「+」を用いれば、その後の文字は無視されますのでいろいろな文字列を追加することが可能です。この方法を用いれば、VMwareからのメールを受け取ることができ、かつVMwareへの新規ユーザー登録が簡単にできるようになります。

2. MyTrashMail.comを使う

Gmailを使ったときの欠点は、VMwareから送られてくるダイレクトメールが徐々に増えていくことです。それに対して、最近みつけたMyTrashMail.comではその名の通り、使い捨てメールを簡単に使うことができます。その場限りのユーザー登録の場合、この方法は重宝します。使い方は、

  • 適当な文字列(例えば macbook)に@trashymail.comをつければ、メールアドレスとしては完成です(macbook@trashymail.com)
  • 届いたメールを確認するには、http://www.mytrashmail.com/Temporary Emailの入力欄に “macbook”と入力すると、届いたメールを確認できます。
  • メールを確認したら、削除します。なぜなら、だれでも閲覧可能だからです。したがってアカウントにはあまり単純な文字列は使わないようにした方がよいかもしれません。

@以下のドメインは、変更される可能性がありますので、使用前に必ずサイトで確認してください。MyTrashMail.comを利用することで、ダイレクトメールに悩む必要もなくなり、メアドの枯渇の心配もないのでお薦めします。この方法によるVMware Fusion評価版の期限延長は、本家の英語版でしか試していませんので日本語版でも同じことができるかどうかは不明です。

関連ブログ

11月 28, 2007

Mac OS XからNTFSディスクへ書き込み

カテゴリー Mac, PC — daichann @ 1:51 am
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Mac OS Xは、標準でNTFS形式のディスクをマウントし、閲覧することはできますが、書き込むことはできません。

VMwareからWindowsを起動しているときは、VMwareの設定により簡単にマックのディスクを読み書きすることができるため、ファイルのやり取りには困りません。

しかし、VMwareを起動していないときやそもそも仮想化ソフトを使っていない場合には、BootCampから起動したWindowsではマックのディスクは見えないので、直接ファイルのやり取りができません。そのため、FAT32形式のフォーマットでwindowsをインストールした方も多いのではないでしょうか。

マックからNTFSフォーマットディスクに書き込むことができれば、NTFS形式の外部ハードディスクも使用可能になるし、FAT形式を使う必要もなくなり使い勝手は大幅に向上します。

そのNTFSの書き込みを可能にするソフトが、MacFUSE & NTFS-3Gです。まず、Google Coreで開発が進められているMacFUSEをインストールします(最新版はMacFUSE-Core-10.5-1.1.1.dmg)。

次に、”NTFS-3G for OS X Revived”のサイトからNTFS-3G(最新版 1.1120-stable)をダウンロードします。インストール後再起動すると、晴れてNTFSの読み書きが可能になります。

Leopard/intelにインストールしていますが、今のところ問題なく使用できています。

追加 (2008/10/7)

windowsとMacの両方を使っている方には、このドライバーはAppleが正式にサポートしていない現在では必須のアイテムでしょう。通常のNTFSドライブを扱うほかに、TrueCryptを使用したドライブ単位での暗号化にも対応しています。WindowsからMacのドライブを扱うのはきわめて困難なため、暗号化したドライブはNTFSでフォーマットしていますので、NTFS-3Gも活躍しています。TrueCryptは、Mac用ソフト(過去記事はこちら)もでていますから、外付けドライブはすべてこのTrueCryptで暗号化させ必要に応じてマウントしています。一度、外付けHDが盗まれたことあり、研究データがすべて入っていましたがすくなくともデータを盗まれてはいないと思います。いまや、ハードディスク自体は安くなっているので買い換えればいいやという程度で済みますが、個人公用含めてデータを盗まれることは、本当にショックを受けてしまいます。

追加2(2009/1/24)

先日リリースした『NTFS-3G 2009.1.1』は、マルチバイト文字に関する不具合が解消されたそうです。日本語のファイル名も、問題なく表示できるようになったということでしょうか。

リンク先

11月 25, 2007

Mac OS Xでバイオインフォマティクス

カテゴリー Mac, PC, Research extra — daichann @ 2:41 pm
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MacBookを購入以来、すっかりマックの魅力にはまってしまいました。今回は、最近、Mac OS Xにインストールした分子生物学の研究に有用なソフトを紹介します。まだ、それほど使っていなくインストールしただけのものもありますが、ご容赦を願います。ここに紹介するものは、すべて無料で使えます。

Chandler http://chandlerproject.org/

実験の時間管理は、特に複数の実験やテーマを同時に進めているときには特に必要性を感じます。最近はやりのGTD (Getting Things Done)を利用するのも手だし、専用のソフトもあります。GTDを初めて聞いた方は、ITmedia Biz.IDの記事 “Getting Things Doneのまとめ“を参照してください。Chandlerは、OS X, Windows, Linux版と実質すべてのデスクトップOSをサポートしており、フリーで使えるものとしては一番多機能であるような気がします。まだ、発展途上のソフトですが、時間管理、To Do管理に最適なソフトです。Open Sourceでの開発なので、将来にわたって料金がかかるようなことはないと思います。

LabAssistant http://mekentosj.com/labassistant/

EnzymeX, 4Peaks等(後述)と共に開発をおこなっているDr.Mek & Dr. TosjによるMac OS X専用のソフトです。名前の通り、研究をアシストするソフトで、これだけでもマックを使うだけの価値があると思いました(大げさか?)。To DOリスト、リマインダーの他、実験の進行状況を管理するタイマー付きの”Experiments”は、複数の実験を平行して行っているときは便利です。研究に特化している分、機能が限定されており使い勝手に優れています。

Yum http://www.nixanz.com/

プロトコール管理をコンピューターでおこなうにはどうしたらよいでしょうか。詳細な実験プロトコールは、Word等のワープロソフトを使用していることがほとんどでしょうが、試薬の作り方、mini-prep等の単純な実験プロトコールはもっと効率の良いソフトで管理したくなります。データーベースソフトは、ちょっと敷居が高く躊躇してしまいます。そこで、注目したものが、料理レシピ管理ソフト。まさに、材料と方法を管理するという意味では、実験のプロトコールと同じです。そして、料理レシピのソフトで無料のソフトを探して見つけたのが、Yumでした。日本語に対応したソフトも探せばありますが、クックブックソフトは基本的に奥様方の使うものですから、親しみやすいインターフェースになっているため、ちょっと研究で使うのは恥ずかしいです。その点、Yumは、簡略された管理方法でプリントアプト用の整形も気に入りました。Windows版がないのは残念ですが、マックらしい洗練されたインターフェースです。英語で書かれたものですがTidBITSでソフトのレビューを読むことができます。

iPaper2 http://ipapers.sourceforge.net/iPapers.html

文献管理には、iTuneライクなインターフェースで使いやすそうです。ソフト内でPubMed検索ができPDFフィアルをダウンロードして登録してくれる優れものです。しかし、すでにWindowsでRef for Windowsを 使用して文献管理しているし、ダウンロードしたPDFファイルは特にソフトで管理していませんが、膨大な数があるのでいまからいちいちソフト管理するのは 面倒です。Windows版があれば別ですが、現在のところ文献管理に関してはマックへ全面移行というところまでは至っていません。

NCBI Wwwblast http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Ftp/

分子生物、医学研究をしている人には、NCBIのPubMedやBlast検索はおなじみでしょう。だけど、データベースファイルをダウンロードできることを知っている人は、そのうちどのくらいいるでしょうか。特に企業は定期的にデーターベースファイルを更新して、外部に情報が漏れないように企業内ネットワークを構築しているそうです。私も以前は、そのファイルをダウンロードして、PC内で検索してみたことありましたが、DNAともかく、タンパクのアミノ酸検索はいつまでたっても終わらないことがあって頓挫したことがありました。今は、CPUの速度も速くなったので、もっと検索にかかる時間は短縮されているでしょうが、データベースファイルも指数関数的に増加しているから結局さらに時間がかかるかもしれないので、NCBIのサイトでできるものなら、そうするのが一番効率的ではあります。しかし、このサイトに紹介されているソフトは、よく使うものに関してはインストールしていて損はないでしょう。Blastソフトの中で、例えばシークエンス解析後の2つのDNA配列を比較するとき、Blast 2 Sequence (bl2seq)は 便利で好んで使用していますが、その程度のことをNCBIのサイトにいってやるのも芸がありません。データベースファイルは必要ないので、オフラインでもできれば、便利です。そんなとき、Blast検索ソフト一式まとめたファイル(11/24時点の最新版は、wwwblast-2.2.17-universal-macosx.tar.gz)を試してみるとよいです。それぞれのソフトは、コマンドラインで使い勝手は悪いですが、フロントエンドとしてブラウザでオンラインと同じような感覚で使えるようにHTMLファイルがありますので、ブラウザでHTMLファイルを開いて使用する方が便利です。

KoriBlast Free Viewer http://www.korilog.com/home/

Blast検索の結果をグラフィカルに表示してくれるソフトです。Mac OS X, Windows, Linux版があります。

DNA解析ソフトNCBIのソフトは、どちらかというとユーザーフレンドリーではないし、一つの機能に特化しています。以下に紹介するものは、統合DNA解析ソフトですので、多機能ですし見た目がいいです。わたしは、WindowsではInvitrogenのVector NTIを好んで用いています。ただし、マック版となるとバージョンが更新されておらず古いままです。もともと、Vector NTIはマック版として開発されていたものがWindowsが生物医学分野でも一般的になるに従って逆転してしまったようです。なお、2〜3年ほど前から有料だったものが、アカデミックに所属している人に限り無料となりましたのでありがたいことです。

EnzymeX http://mekentosj.com/enzymex/

Vector NTIほどの機能はありませんが、制限酵素サイトやDNA配列の構築、ORFの検索などできるようです。先に紹介したLab Assistantと同じ人たちが開発しています。

BioX http://www.lagercrantz.ath.cx/software/biox/
eBiotools http://www.ebioinformatics.org/

BioXは、EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite)のツール群を集めたマック専用のソフトeBiotoolsのフロントエンドとして働きます。EMBOSSは、Unixで動くように設計されているのでUnixの一つとなったOS Xも動くのですが、それをインストールしやすいようにパッケージにしたものがeBiotoolsです。EMBOSSの他にも様々なツール群が含まれているようです(NCBI Toolbox, Primer3, ClustalX et al.)。EMBOSSは様々な機能をもっている反面、少し商用版のソフトに比べると使いづらいようです(コマンドベース)。したがって、BioXを通して利用する方が、バイオインフォマティクスの専門家以外の方には扱いやすいでしょう。主な特徴としては、DNA配列アライメントの他、パターン検索、プライマー設計、制限酵素サイト、リピート配列、アミノ酸翻訳、DNA溶解温度、ドットプロット、ClustalWアライメント。X windowsシステムが必要なので、インストールされていない方は、OS Xインストールディスクを用いるか、不具合などが解消されより安定した非オフィッシャル開発のXQuartzをダウンロードしてください。

訂正
BioXは、eBioXへと引き継がれeBiotoolsと同じサイトよりダウンロード可能です。OS X 10.4以降のみ対応です。

CLC Free Workbench 4 http://www.apple.com/downloads/macosx/math_science/clcfreeworkbench.html

商用の機能を限定したフリー版です。限定といっても、一通りのバイオインフォマティクス機能はついていて、BioXが使いづらい人にはこちらを試してみてはいかがでしょうか。

Amplify 3 http://engels.genetics.wisc.edu/amplify/

PCRプライマー設計、PCR反応の条件計算に特化したOS X専用のソフトです。

ApE http://www.biology.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/

Plasmid設計、アノテーション付きの描画をしてくれるソフト。その他には、ABIのシークエンスデータの読み込み、DNA波形を表示してくれます。

4Peaks http://mekentosj.com/4peaks/

FinchTV http://www.geospiza.com/finchtv/

上2つのソフトは、ABIのDNAシークエンスデータを読み込み、波形を表示してくれるものです。ABI純正の波形表示ソフトはWindows版だと無料配布されているのですが、マック版は残念ながらありませんのでこれらのソフトを使うとよいでしょう。

iMol http://www.pirx.com/iMol/

分子構造を3D表示してくれる優れものです。DNAやタンパク質構造ももちろん表示してくれます。読み込みファイル形式は、PDB, XYZ, MOL2, HIN, CAR, ALC, BIOで、保存形式は、PDB, XYZ, BIOとなっています。 NCBI純正ソフトにCn3Dという有名なソフトがありますが、両方持っていると便利でしょう。

Image J http://rsb.info.nih.gov/ij/

NIH Imageの後継ソフトで、多数のプラグインが用意されており、必ずインストールしておくべきソフトの一つでしょう。わたしは、まずこのソフトで顕微鏡写真の画像処理した後アドビのPhotoshopにもっていき整形しています。顕微鏡付属ソフトの画像保存形式は、特殊なため一般の画像編集ソフトでは開くことができませんが、Image Jであればプラグインを追加することで読み込むことが可能になる場合がほとんどですので、自分のパソコンでも編集がしたい場合には、便利です。私は、共焦点顕微鏡LSM510 (Zeiss製)を使用していますので、plug-inのInput/Output項目にあるLSM readerをインストールしてあります(デフォルトでも入っています)。細胞カウンターなど、便利そうな機能も多数公開されていますので、興味のある方はいろいろ探して試してみてください。

Patent Downloader http://www.oneriver.jp/PD/

日本人が作った特許検索、ファイルダウンロードソフトです。日米欧に対応しています。アカデミックにいるから、特許なんて関係ないや、といっていられない時代ですからこういったソフトも必要ですね。アメリカの特許検索ならばGoogle Patentsは検索が早く便利です。

Solution Widget http://mekentosj.com/widgets/solutions/index.html

試薬を調製するときに、分子量の計算をしたりすることがよくあります。このソフトは簡単に重さ、体積、分子量、モル量の計算をしてくて便利です。

結論

紹介したDNA解析ソフトの中ではBioXが一番すぐれている感じがします。これ一つですべてを網羅しているので、まずはこのソフトを使いこなせるようにしていこうと思います。 実験の時間管理は、iCalとともにLabAssistantを使い、プロトコールの一元管理に、Yumを使用。DNAシークエンス確認は、4Peaksを用いて、ホモロジー検索はBioXWww blastソフトでおこなう。また、使い慣れてきたらどこかで報告したいと思います。

過去ブログ

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