その名も、NoteBook
紙のノートの使いやすさをマック上でも再現させており、ページのめくり方まで似せています。
画像はしかり、PDFやwordなどのファイルも貼り付けることもできかなり便利。windows版MS OfficeのOneNoteと機能的に似ていますが、こちらの方が直感的、視覚的に優れている印象です。
とにかくいろんな使い方ができそうです。研究ノートにも使えないことはないですが、アナログのノートにはできないファイルの埋め込み、webの引用を組み合わせた、文献のまとめやプロジェクトの考案、進行状況、アイデアを書くといった使い方にも応用できます。目次やインデックスも自動的に作成されます。
昨夜は、ずっとスーパーチューズデーの進行状況を、CNNとMSNBCで見ていました。
日本と違い、アメリカでは自分の支持する候補を公然と応援します。ハリウッド俳優などは有名ですが、ニューヨークタイムズなど報道機関も特定の候補に肩を持つとは、さすが自由の国と言わざる終えません。もちろん、これを日本に持ち込むのはどうかと思います。単に文化の違いによるものだと考え、あまり真似をしようとするのは危険ですね。しかも、そもそも日本には首相は国民が決めることができない時点で終わってます。
さて、私が応援している候補は民主党候補のヒラリークリントンです。正直、女性だから黒人だからといったことは対して意味ありません。意義はあるでしょうが、そんなことで選んでいると、この国の危機的状況を変える大統領を選ぶことはできないでしょう。彼女が一番候補者の中で科学の分野に力を入れてくれる人だと感じたからです。
私は、科学の分野に足を踏み込んでいるので、一番の関心ごとはどの候補が一番われわれ科学者のためにやってくれるか、ということです。共和党候補は、ブッシュを見てて分かるように科学というものには興味ない人ばかりです。みんな共和党候補は、ダーウィンの進化論は信じていないと、昨年5月の討論会で言い切っていたそうです。終わってます。でも、アメリカはそういう国なんです。1/3のアメリカ人は 進化論を信じていないそうです。先進国とは何だろうと思いたくなります。そう考えると、ガリレオの否定した天動説を信じている人も案外多いのかもしれないですね。そういう、世の中に興味ない無知な保守人種とリベラルな人種が真っ二つに分かれて対立しているのは、不思議ではないし、ブッシュが頑なにヒトES細胞の作成を禁止する姿勢も納得がいきます。彼のおかげで、NIHの予算はここ数年並行線（いや減少気味？）です。PIの数は増加する一方なので、グラントを取れる確率も必然的に下降線を描いています。そんな中、ヒラリー候補は今後十年間でNIH予算を倍増すると公言しています。ありがたいことです。もともと、アメリカでITとバイオ産業が発達したのはクリントン前大統領とゴア前副大統領の後押しも大きいので、ヒラリークリントンが科学に理解があるのは納得できます。それに、一番力を入れている国民皆保険の導入には、医療の発展も必要ですしね。
それに対して、ほぼ共和党候補として決まった感のするマケイン候補は、これまで妊娠中絶反対、ES細胞反対をとっており、 保守らしい対応です。よきアメリカの時代の生き残りにしか見えません。でも、彼の話し方なり態度は、どこか安心させられます。ブッシュのように落ち着きのない、周りに振り回されるような人ではないですね。例えこの人が、大統領になってもブッシュの時よりはマシになると確信しています。そういうわけで、科学でも温暖化対策や省エネに対する科学技術へは積極的に関与していくでしょうが、生命、医学の分野へは疑問符が残ります。唯一、不法移民へは強行な態度ですがH1-Bビザの拡大を表明している点は、大いに評価できます。
最後に、民主党のオバマ候補ですがどうも好きになれません。演説の仕方をみていると、どこか、だまされているようなマインドコントロールを受けている感じがしてしまいます。しかも妙に、話の内容が抽象的なんで。でも、今のアメリカにはこういう人が必要なのかもしれませんね、希望を与える人が。訴えかける話し方は、ヒラリーや他の候補に比べて優れている印象を受けます。でも、科学分野に関してはあまりに未知数です。したがって、オバマが負けると喜んでしまいます。いやぁ、カリフォルニアでそして、この大一番でなんとかヒラリーが勝ってよかった。
日本は、民主党に対して拒絶反応が大きいですが、私は民主党と共和党のどちらかといわれれば民主党だし、ヒラリーとオバマのどちらかといわれればヒラリーです。投票権はありませんが。
MacBookを購入以来、すっかりマックの魅力にはまってしまいました。今回は、最近、Mac OS Xにインストールした分子生物学の研究に有用なソフトを紹介します。まだ、それほど使っていなくインストールしただけのものもありますが、ご容赦を願います。ここに紹介するものは、すべて無料で使えます。
Chandler http://chandlerproject.org/
実験の時間管理は、特に複数の実験やテーマを同時に進めているときには特に必要性を感じます。最近はやりのGTD (Getting Things Done)を利用するのも手だし、専用のソフトもあります。GTDを初めて聞いた方は、ITmedia Biz.IDの記事 “Getting Things Doneのまとめ“を参照してください。Chandlerは、OS X, Windows, Linux版と実質すべてのデスクトップOSをサポートしており、フリーで使えるものとしては一番多機能であるような気がします。まだ、発展途上のソフトですが、時間管理、To Do管理に最適なソフトです。Open Sourceでの開発なので、将来にわたって料金がかかるようなことはないと思います。
LabAssistant http://mekentosj.com/labassistant/
EnzymeX, 4Peaks等(後述)と共に開発をおこなっているDr.Mek & Dr. TosjによるMac OS X専用のソフトです。名前の通り、研究をアシストするソフトで、これだけでもマックを使うだけの価値があると思いました（大げさか？）。To DOリスト、リマインダーの他、実験の進行状況を管理するタイマー付きの”Experiments”は、複数の実験を平行して行っているときは便利です。研究に特化している分、機能が限定されており使い勝手に優れています。
プロトコール管理をコンピューターでおこなうにはどうしたらよいでしょうか。詳細な実験プロトコールは、Word等のワープロソフトを使用していることがほとんどでしょうが、試薬の作り方、mini-prep等の単純な実験プロトコールはもっと効率の良いソフトで管理したくなります。データーベースソフトは、ちょっと敷居が高く躊躇してしまいます。そこで、注目したものが、料理レシピ管理ソフト。まさに、材料と方法を管理するという意味では、実験のプロトコールと同じです。そして、料理レシピのソフトで無料のソフトを探して見つけたのが、Yumでした。日本語に対応したソフトも探せばありますが、クックブックソフトは基本的に奥様方の使うものですから、親しみやすいインターフェースになっているため、ちょっと研究で使うのは恥ずかしいです。その点、Yumは、簡略された管理方法でプリントアプト用の整形も気に入りました。Windows版がないのは残念ですが、マックらしい洗練されたインターフェースです。英語で書かれたものですがTidBITSでソフトのレビューを読むことができます。
iPaper2 http://ipapers.sourceforge.net/iPapers.html
文献管理には、iTuneライクなインターフェースで使いやすそうです。ソフト内でPubMed検索ができPDFフィアルをダウンロードして登録してくれる優れものです。しかし、すでにWindowsでRef for Windowsを 使用して文献管理しているし、ダウンロードしたPDFファイルは特にソフトで管理していませんが、膨大な数があるのでいまからいちいちソフト管理するのは 面倒です。Windows版があれば別ですが、現在のところ文献管理に関してはマックへ全面移行というところまでは至っていません。
NCBI Wwwblast http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Ftp/
分子生物、医学研究をしている人には、NCBIのPubMedやBlast検索はおなじみでしょう。だけど、データベースファイルをダウンロードできることを知っている人は、そのうちどのくらいいるでしょうか。特に企業は定期的にデーターベースファイルを更新して、外部に情報が漏れないように企業内ネットワークを構築しているそうです。私も以前は、そのファイルをダウンロードして、PC内で検索してみたことありましたが、DNAともかく、タンパクのアミノ酸検索はいつまでたっても終わらないことがあって頓挫したことがありました。今は、CPUの速度も速くなったので、もっと検索にかかる時間は短縮されているでしょうが、データベースファイルも指数関数的に増加しているから結局さらに時間がかかるかもしれないので、NCBIのサイトでできるものなら、そうするのが一番効率的ではあります。しかし、このサイトに紹介されているソフトは、よく使うものに関してはインストールしていて損はないでしょう。Blastソフトの中で、例えばシークエンス解析後の２つのDNA配列を比較するとき、Blast 2 Sequence (bl2seq)は 便利で好んで使用していますが、その程度のことをNCBIのサイトにいってやるのも芸がありません。データベースファイルは必要ないので、オフラインでもできれば、便利です。そんなとき、Blast検索ソフト一式まとめたファイル(11/24時点の最新版は、wwwblast-2.2.17-universal-macosx.tar.gz)を試してみるとよいです。それぞれのソフトは、コマンドラインで使い勝手は悪いですが、フロントエンドとしてブラウザでオンラインと同じような感覚で使えるようにHTMLファイルがありますので、ブラウザでHTMLファイルを開いて使用する方が便利です。
KoriBlast Free Viewer http://www.korilog.com/home/
Blast検索の結果をグラフィカルに表示してくれるソフトです。Mac OS X, Windows, Linux版があります。
DNA解析ソフトNCBIのソフトは、どちらかというとユーザーフレンドリーではないし、一つの機能に特化しています。以下に紹介するものは、統合DNA解析ソフトですので、多機能ですし見た目がいいです。わたしは、WindowsではInvitrogenのVector NTIを好んで用いています。ただし、マック版となるとバージョンが更新されておらず古いままです。もともと、Vector NTIはマック版として開発されていたものがWindowsが生物医学分野でも一般的になるに従って逆転してしまったようです。なお、２〜３年ほど前から有料だったものが、アカデミックに所属している人に限り無料となりましたのでありがたいことです。
EnzymeX http://mekentosj.com/enzymex/
Vector NTIほどの機能はありませんが、制限酵素サイトやDNA配列の構築、ORFの検索などできるようです。先に紹介したLab Assistantと同じ人たちが開発しています。
BioX http://www.lagercrantz.ath.cx/software/biox/
eBiotools http://www.ebioinformatics.org/
BioXは、EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite)のツール群を集めたマック専用のソフトeBiotoolsのフロントエンドとして働きます。EMBOSSは、Unixで動くように設計されているのでUnixの一つとなったOS Xも動くのですが、それをインストールしやすいようにパッケージにしたものがeBiotoolsです。EMBOSSの他にも様々なツール群が含まれているようです(NCBI Toolbox, Primer3, ClustalX et al.)。EMBOSSは様々な機能をもっている反面、少し商用版のソフトに比べると使いづらいようです(コマンドベース)。したがって、BioXを通して利用する方が、バイオインフォマティクスの専門家以外の方には扱いやすいでしょう。主な特徴としては、DNA配列アライメントの他、パターン検索、プライマー設計、制限酵素サイト、リピート配列、アミノ酸翻訳、DNA溶解温度、ドットプロット、ClustalWアライメント。X windowsシステムが必要なので、インストールされていない方は、OS Xインストールディスクを用いるか、不具合などが解消されより安定した非オフィッシャル開発のXQuartzをダウンロードしてください。
訂正
BioXは、eBioXへと引き継がれeBiotoolsと同じサイトよりダウンロード可能です。OS X 10.4以降のみ対応です。
CLC Free Workbench 4 http://www.apple.com/downloads/macosx/math_science/clcfreeworkbench.html
商用の機能を限定したフリー版です。限定といっても、一通りのバイオインフォマティクス機能はついていて、BioXが使いづらい人にはこちらを試してみてはいかがでしょうか。
Amplify 3 http://engels.genetics.wisc.edu/amplify/
PCRプライマー設計、PCR反応の条件計算に特化したOS X専用のソフトです。
ApE http://www.biology.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/
Plasmid設計、アノテーション付きの描画をしてくれるソフト。その他には、ABIのシークエンスデータの読み込み、DNA波形を表示してくれます。
4Peaks http://mekentosj.com/4peaks/
FinchTV http://www.geospiza.com/finchtv/
上２つのソフトは、ABIのDNAシークエンスデータを読み込み、波形を表示してくれるものです。ABI純正の波形表示ソフトはWindows版だと無料配布されているのですが、マック版は残念ながらありませんのでこれらのソフトを使うとよいでしょう。
iMol http://www.pirx.com/iMol/
分子構造を３D表示してくれる優れものです。DNAやタンパク質構造ももちろん表示してくれます。読み込みファイル形式は、PDB, XYZ, MOL2, HIN, CAR, ALC, BIOで、保存形式は、PDB, XYZ, BIOとなっています。 NCBI純正ソフトにCn3Dという有名なソフトがありますが、両方持っていると便利でしょう。
Image J http://rsb.info.nih.gov/ij/
NIH Imageの後継ソフトで、多数のプラグインが用意されており、必ずインストールしておくべきソフトの一つでしょう。わたしは、まずこのソフトで顕微鏡写真の画像処理した後アドビのPhotoshopにもっていき整形しています。顕微鏡付属ソフトの画像保存形式は、特殊なため一般の画像編集ソフトでは開くことができませんが、Image Jであればプラグインを追加することで読み込むことが可能になる場合がほとんどですので、自分のパソコンでも編集がしたい場合には、便利です。私は、共焦点顕微鏡LSM510 (Zeiss製)を使用していますので、plug-inのInput/Output項目にあるLSM readerをインストールしてあります(デフォルトでも入っています）。細胞カウンターなど、便利そうな機能も多数公開されていますので、興味のある方はいろいろ探して試してみてください。
Patent Downloader http://www.oneriver.jp/PD/
日本人が作った特許検索、ファイルダウンロードソフトです。日米欧に対応しています。アカデミックにいるから、特許なんて関係ないや、といっていられない時代ですからこういったソフトも必要ですね。アメリカの特許検索ならばGoogle Patentsは検索が早く便利です。
Solution Widget http://mekentosj.com/widgets/solutions/index.html
試薬を調製するときに、分子量の計算をしたりすることがよくあります。このソフトは簡単に重さ、体積、分子量、モル量の計算をしてくて便利です。
結論
紹介したDNA解析ソフトの中ではBioXが一番すぐれている感じがします。これ一つですべてを網羅しているので、まずはこのソフトを使いこなせるようにしていこうと思います。 実験の時間管理は、iCalとともにLabAssistantを使い、プロトコールの一元管理に、Yumを使用。DNAシークエンス確認は、4Peaksを用いて、ホモロジー検索はBioXとWww blastソフトでおこなう。また、使い慣れてきたらどこかで報告したいと思います。
過去ブログ
ウインドウズで使えていたことをマックでもおこなえるようにちょっとずつ環境を整えているところです。それで感じたことは、多くの場合マックで十分やっていけるんだということです。つまり、OSの垣根は思ったほど高くなかったです。もちろん、ウインドウズしか使えないもの、購入し直す必要のあるソフトなどコストがかかるため移行しにくい部分もありますが、その辺はVMwareやBootCampを使う事でうまくやっていけばよいことです。
ソフトバンクの孫社長が、２台目の携帯に自社のものを大いに勧めていたそうだが、それは時間が経つにつれ「高い方をキープするより、安く話せる方をポケットに残そう」という、ユーザーの心理をうまく利用し、結局は自社の携帯がメインに変わっていくことを念頭に置いているからです。それと同じ事がアップルのBootCampによるwindowsとの共存を認めていることにもあてはまるのではないでしょうか。どんなによいものでも、まずは試してもらわないと人の心、習慣はそう簡単に変わらないものだからです。
そんなわけで、以下にウインドウズでできたことをマックでもできるようにするためにこれまで集めてきた フリーソフトを紹介します。
どれも、使用期限なしの無料で使用できます。たとえば、マイクロソフトオフィス2007で作成した最新ファイル形式(.docx, .xlsx, .pptx)でも、NeoOfficeで閲覧編集する事ができるので、わざわざマック用のオフィスも追加して買う必要はないでしょう（注：ファイル互換の再現性の問題はあります)。緑色のソフトは、ウィンドウズ版もあります。
その他、SkypeやFirefoxといった、定番ソフトもOS Xに対応しています。PDFは、ネイティブに対応しているのでAcrobatは必要ありません。ディスク作成(.img, .dmg, .iso)やCD書き込みはOS付属のディスクユーティリティを使います。windowsだとイメージディスクの取り扱いはDeamon Toolが便利ですが、OS Xはそのようなソフトは必要ないんですね。
わたしのMacBookは、常にVMwareでウインドウズを立ち上げていますが、インターネットや辞書、iTuneを使うときなどマックでできるものはすでにマックでやっています。OfficeやAdobeのPhotoshop, Illustrator、研究で使用する専門ソフトといった作業関連の用途にウインドウズは特化しつつあります。正直これほど使うとは、自分でも驚いています。Linuxのような試しに使う程度のものとは違いそうです。それにしても、前にも話しましたが、Leopardの新機能Spacesは本当にwindowsを一つのアプリとして使うものにしてくれて、この上なく便利です。
だんだん世の中はネットを中心とした世界になってきている気がする。そして、研究する上でもどのパソコンでも使えるように最近はWebアプリを使う機会が多くなってきた。
まずは、Webアプリではないが、ブラウザに便利なツールを紹介します。
Biobar (Firefox add-on): Firefoxのツールバー上でNCBI, EBI, DDBJなどのデータベース(Pubmed, Entrez etc.)のインターフェースになっており、おそらくもっとも多用している研究アプリのような気がする。使い始めると、HPで検索するのがおっくうになるはずです。Internet Explorer版に似たようなものがあるか不明です。IEを使うとOS自体が不安定になってしまうので避けています。
Google Bookmarks : Googleアカウントを持っている人はどのくらいいるか知りませんが、Googleツールバー上にBookmarksボタンがついており、ここに登録したブックマークは、ログインさえすればどこからでも利用できます。今では、ブラウザのブックマークに登録することはほとんどなくなりました。もう、必須アイテムです。
Only2Clicks : ちょっと趣味の世界に入って申し訳ないですが、最近ブラウザのホームページとして最初に表示されるサイトにしています。これもブックマークの一種ですが、登録したHPのスナップショットがアイコン代わりになっています。常連サイトは限られているので、それらはここに登録しています。
さて、ここからが本番です。
まず、オフィス機能をもったwebアプリではGoogle Documentsが知名度はありますが、正直いまいちです。それに対してZohoは機能的ビジュアル的に一歩先んじています。論文やグラント、フェローなどの書き物はラボだけでなく家でも結構やったりしますが、文章さえ書ければフォーマットは後で整えればよいという考えであれば、Zohoはお薦めです。しかも、ワード、表計算、プレゼンといったもの以外にも、プロジェクト管理やWikipediaの文法を使ったblogに近いものなどさまざまなアプリが使えます。プロジェクト管理といえば、MyQuireもよくできています。もっと手軽にTo do管理したい場合は、Remember The MilkやCheck*Padはよいかもしれないです。ただ、なかなかオンラインだけで管理するのは逆に不便な場合もあるので、単独の使用は基本的に向いていません。ただ、お知らせ機能をうまく利用すればそれなりに便利だとおもうし、仕事場で思い出した家の用事（その逆も）を書き留めておくなどの使い方には向いていそうです。最後に、マイクロソフトから最近サービスを開始したOffice Live Workspaceはどのようなものだろうか。まだ利用していないが、気になります。
今日はこの辺で。
夕方まで研究室で実験をし、その後、妻とDelaware北部のゴルフ場で、ディナーにむかった。そのdinnerとは、タイトルにある昨年脳腫瘍で なくなったダニエルさんの好きだったゴルフを通して募金をつのるイベントでゴルフの後に開催された夕食会でした。当初はゴルフにも出場する予定だったが、昨日突如参加を断られるメールを受け取り、ディナーだけとなった。ゴルフは未経験だったから、よかったんだが。
事の成り行きは、chairmanの患者だったダニエルさんの家 族がBrain cancerに対する寄付金を募るために今年より開催されることになったゴルフ大会で、研究室からも人を出すことで白羽の矢？が当たったわけだ（単 に、誰も希望者がおらず断りきれず押し切られただけ）。結構、研究室にはお金をだす（だそうとする）人たちが見学によく来る（１，２ヶ月に一度？はくるかも）。時々、政治家がくることもあるが。この家族も昨日訪問しに来た。
今回の寄付金の総額は、なんと$15,000にもなったのこと。ゴルフ、ディ ナー代からのほか、オークションなどうまくお金を取る仕組みを作ってるなぁと感心してしまった。ちなみに、Wine３本とワインホルダーが、$40からの bidだったので、４０ドルで書き込んだけど50ドルで書いた人がいて、買えなかった(value$120)。オークションに出品されたものは他にも、スポーツチケットやらサインつきボール、ホ テルなどなど。アメリカは、寄付大国と言われる所以がよくわかる。勉強になりました。
そして、肝心のディナーだったけど、ホットドックのセ ルフサービスで、これもほとんどのお金は寄付金に回る仕組みになってました。 ディナーと言われたので、どんな豪華なものがでるかと思ったけど、ゴルフ場内の施設でやったわけだし、まあ納得。それにうちらはお金払ってないただ食いの 身分だしな。
それにしても、アメリカにいる間にゴルフをしてみたくなった。そこのゴルフ場は、平日で十数ドル、週末で30-40ドルと手ごろな値段だ。アメリカだと地域に寄るだろうが大体このくらいの値段なのかな？
http://virtualtrials.com/news3.cfm?item=3977
